Theo thuyết phong thủy, đền Bảo Hà có tiền án, hậu trảm, tả phù hữu bật, vị thế rất đẹp. Cho đến nay kiến trúc nguyên thủy của đền vẫn được giữ lại gần như nguyên vẹn, nó thể hiện sự uy nghi và trang nghiêm nhưng không quá cầu kỳ, gồm:

Khu vực nội tự di tích lịch sử cấp quốc gia đền Bảo Hà

Khu thứ nhất: Khu vực nội tự di tích lịch sử cấp quốc gia đền Bảo Hà với các công trình kiến trúc đã được xây dựng từ trước đây  đều theo hình thức kiến trúc mái ngói truyền thống một tầng, gồm một số hạng mục sau: Đền chính (Đền Ông); Nhà Đại bái; Dền Trình; Nhà làm việc Ban quản lý Đền, tiếp khách; Nhà viết sớ; Nhà tu lễ, hạ lễ; Nhà Phủ chúa, Ban Sơn trang; Lầu hóa vàng; Cổng tam quan nội; Miếu Sơn Thần; Lầu cậu; Lầu cô. Và một số hạng mục khác xây tạm như nhà trọ, nhà ăn, bếp, bể nước, nhà tắm khu vệ sinh công cộng.

Khu thứ hai: Bao gồm các công trình kiến trúc phụ trợ được xây dựng ở phía Đông Bắc của khu vực bao gồm: Cổng tam quan ngoại, khu vực kiot bán hàng, khu vệ sinh, khu vực bãi để xe…

Về kiến trúc cảnh quan cụ thể khu vực nội tự:

Cổng Tam quan nội: Cổng Tam quan nội được xây dựng kiểu tam quan (một cổng chính, hai cổng phụ). Cổng mái, cổng chính cao 5,2 m, rộng 4,3 m, hai phía ngoài hình hoa tây, trên cùng là hình hai con rồng chầu mặt trăng lưỡng long chầu mặt nguyệt. Phía dưới là 4 chữ đại tự lớn “Bảo Hà linh từ” bằng chữ Hán cổ (Dịch là: Đền Bảo Hà linh thiêng). Hai bên cổng là hai câu đối: “Hồng hà kim cổ tại” (Sông Hồng có từ xưa đến nay); “Hoàng Bẩy đại đại lưu” (Tên Ông Hoàng Bẩy được lưu truyền mãi). Dọc hai bên cổng chính là hai câu đối: “Phật thánh giáng lâm cầu tất ứng/Thần tiên hiển hóa nguyện giai thông” (Dịch là: Mọi người tới của Phật cửa Thánh cầu sẽ được linh ứng/Con người tới đây cầu nguyện sẽ được thông suốt). Nhà đại bái được xây dựng mới năm 2019 theo kiến trúc truyền thống đền chùa Việt Nam với kiến trúc gỗ lim 3 gian 2 chái, có diện tích 197m2, mái cong cổ kính, uy nghi, rộng rãi và lộng lẫy. Hai đầu tòa Đại được xây cao với những hoa văn đắp chỉ nổi khá tinh xảo. Trên cao là một bình cam Lồ và 4 con Nghê chụm đầu vào nhau. Hai cột phía trong Đại bái có hai câu đối viết bằng sơn: “Bảo Hà tối linh thiên niên thịnh/Thập phương bái vọng hương phúc vinh” (Nghĩa là: Đền Bảo Hà linh thiêng, thịnh vượng hàng ngàn năm/Cả mười phương đều bái yết và được hưởng phúc vinh). Mặt sau của cột Đại bái là câu đối nhằm khuyên răn con người và người tu hành: “Đồng thanh khát vọng tòng tứ phủ/Phật tử sùng tu hướng thuyền môn” (Nghĩa là: Các bà đồng có khát vọng theo tứ phủ/Các tín đồ phật giáo một lòng sùng kính hướng cửa thiền).

Về các cung trong đền

Các cung trong đền gồm Cung Cấm, Cung Nhị, Cung Công đồng,… Trong các cung thờ chính của đền có các pho tượng: Đức Thánh Trần, Đức Vua Cha, Quan Tuần Tranh, ông Hoàng Bẩy (Quan bản Đền), ông Hoàng Đông, quan Bơ phủ, Mẫu Nhị, Mẫu Thượng Ngàn, Mẫu Thủy Tiên, Thiên Phúc Thiên Nhãn. Phía ngoài còn có lầu cô, lầu cậu, cung thờ quan thần linh. Trong các cung thờ chính của đền có các pho tượng: Ðức Thánh Trần, Ðức Vua Cha, Quan Tuần Trang, ông Hoàng Bẩy, ông Hoàng Ðông quan Bơ phủ, Mẫu Nhị, Mẫu Thượng Ngàn, Mẫu Thủy Tiên, Thiên Phúc Thiên Nhãn. Cung thờ chính của tướng Hoàng Bẩy trong sắc phục xanh màu rừng núi ngự trong khám kính được chạm khắc tinh xảo với đường nét hoa văn dát vàng khảm bạc, thể hiện vị tướng là bậc anh linh, quyền cao tối thượng nhưng vẫn gần gũi, bình dị trong đời sống tâm linh của người dân.

Hiện nay, Đền Bảo Hà đang trong giai đoạn trùng tu, tôn tạo (giai đoạn 1) gồm một số hạng mục với kiến trúc giữ nguyên kiến trúc cũ song có mở rộng hơn về diện tích: Phủ chúa sơn trang (90 m2), Nhà sắp Lễ (90 m2), Nhà hạ lễ (90 m2), Đền trình (110 m2), Nhà trực Ban – Ban Quản lý Đền (90 m2) bằng vật liệu gỗ tự nhiên; Lầu Cô (8m2), Lầu Cậu (8 m2) bằng vật liệu gạch, ngói; sân khấu Lễ hội (1.164 m2), Sân Quảng trường đại lễ (6.435 m2) lát đá tự nhiên; Làm mới cổng Nghị môn, hoa văn rồng chầu chất liệu đá tự nhiên; 01 Cổng Tam quan Ngoại có mái (100m2) chất liệu bê tông xi măng, mái ngói; 02 cổng Tam quan ngoại bằng đá tự nhiên,… Ngoài ra trong giai đoạn 2, Đền Bảo Hà còn đầu tư các hạng mục khác như: Khu Mộ gió, Lầu vọng cảnh,An Thượng sơn, Sân lễ hội, Bãi đỗ xe, khu kiốt (shophouse), nhà nghỉ chân, nhà đón tiếp khách, đường dạo,…

Khu vực ngoại thất gồm các hạng mục: Sân Lễ hội, Bãi Đỗ Xe, cổng Nghi môn và khu vực các ki ốt kinh doanh dịch vụ, hoa quả. Các hạng mục ngoại thất này sẽ được đầu tư, mỏ rộng trong giai đoạn 2 của dự án đầu tư, tôn tạo, mỏ rộng Đền Bảo Hà.